麻豆代天府,位烏山嶺之西,座曾文溪之陽,有倒風內海古老莊社─蔴荳社,今稱麻豆區。延平郡王領台前,為數頗眾之漢人移徙於此定居。蔴荳社東隅有牛稠庄水堀頭,昔為蔴荳港汕端。斯時閩台通航,港埠鼎盛一時。明崇禎年間,泉邑啟建王醮,晉江縣富美宮李、池、吳三尊千歲隨王船東巡,航靠蔴荳港,牛稠庄先民立地築茅奉祀。永曆十六年(西元一六六二年),先民沐神恩庇佑,改建磚造神殿,前清乾隆二十年(西元一七五五年),巡台御史勘悉水堀頭係一靈穴,為杜後患,竟假建水堀頭橋之名,暗行陰敗地理之實,以石車阻厄地靈。未幾,境域迭遭災變,蔴荳港航道淤塞,牛稠庄漸次荒寂,千歲因之易狩他鄉。嗣麻豆瘟疫頻侵,居民不寧,哀鴻遍野,眾議恭請 千歲回駕遶境,祈安植福,自此相沿成例,每年遂有「迎香」之舉。咸豐七年(西元一八五七年),牛稠庄人丁星散,民國四十五年(西元一九五六年),千歲農曆四月初六日指示重啟靈穴,信眾遵諭挖掘驗證,果見石車出土,鄰近居民均熱烈參與。計掘出石車三十六枚,其數適與天罡、地煞之數、外加棕蓑、厭勝祭物,昔日地靈被阻,顯非虛言。其有玄者:該地盛回之湧泉沈澱後,泥漿隱顯龍鳳圖案,飲之,夙疾霍然而癒;塗之,頑症立見奇效。地方仕紳咸感神靈顯化昭彰,倡議籌建廟宇,著即成立「麻豆代天府建廟委員會」,公舉呂廷復氏總董其事。
五府千歲矢忠唐室,羽化成神,受命 玉帝敕封千歲代天巡守,伐暴誅奸,宜乎俎豆千秋,馨香萬世。麻豆代天府源遠流長數百年,澤沛人寰,神庥隆基數十載,神威赫亦。主任委員呂廷復高瞻遠矚碩劃鴻籌。諸執事傾誠翊贊,宵旰憂勤。
雕樑畫棟的麻豆代天府,為全台王爺信仰中心,隨處可見精雕細琢的藝術品。踏入巍峨的廟門,抬頭一望,見到的是泉州式建築的屋脊,屋頂上有著光彩奪目、五光十色的琉璃瓦交趾燒,主廟的大門,為整塊厚樟木雕刻而成的立體門神,是其它廟宇所罕見,左右廊廡倚立,廟宇雄偉,有陳專友、李世逸技術精湛的交趾燒、剪黏裝飾,更有大師潘麗水、陳壽彝、蔡草如之彩繪作品,樣樣皆是名家精品,另有仿天壇造型的觀音寶殿供奉觀世音菩薩及目前世界最高120層光明燈,供信眾燃點光明燈,外壁有觀世音菩薩救苦救難化身的大悲咒84尊浮雕神佛,栩栩如生。廟後聳立長達76公尺的巨龍,設置天堂、地獄、供遊客參觀,亦有勸人為善的教化與遊樂功能,值得細細品味、遠眺麻豆街景。
本廟長久以來大力投注於社會慈善及教化等公益事業,秉持取之社會用之社會的一貫態度,本著人飢己飢,人溺己溺之博愛精神以及以往奠定的良好基礎
,繼續發揮,闡揚王爺慈悲濟世精神,適時提供綿薄之力,俾拋磚引玉,藉以協助政府促進社會大眾更為安康祥和及發展。